Skunkworks, che prende il nome dalla band che si è formata dopo "Balls to Picasso", è l'album più controverso di Bruce. Qualsiasi suo passato musicale è infatti lasciato da parte in questo album dalle sonorità che ricordano il grunge, che comunque vanta uno stile particolare, che accompagna queste 13 corte canzoni, apparentemente senza un filo conduttore. L'album non è certo inferiore agli altri, mai come in Skunkworks sentiamo Bruce libero di provare e di sperimentare ciò che più gli va di fare: una cosa che mai avrebbe potuto fare al fianco di Steve Harris. Difficile indicare questa o quella canzone, visto che, pur essendo l'una diversa dall'altra, sembrano tutte ipotetici b-sides o "buone" riempinastro, senza una canzone 'più' bella, 'più' veloce, 'più' memorabile... L'album è stato un flop di vendite, ma, se la gente invece di sperare dalla carriera di Bruce il "The Number Of The Beast" in versione solista, riconosce in lui un artista mirabile e moderno, che esplora in maniera intelligente altre forme di musica anche un pò distanti da ciò che ha scritto in passato, troverà eccellente quest'album.